Skip to contents

Convert genotypes to zygosity

Source: vignettes/articles/genotypes-to-zygosity.Rmd
genotypes-to-zygosity.Rmd

Here is how to convert your genotypes to zygosity levels:

  1. Read in the genotypes with read_snp_genotypes().
  2. Convert the returned data table by read_snp_genotypes() to zygosity levels with as_zygous().
# Read in the genotypes
genotypes <- read_snp_genotypes(file = daeqtlr_example('genotypes.csv'))
genotypes[1:10, 1:16]
#>        snp s01 s02 s03 s04 s05 s06 s07 s08 s09 s10 s11 s12 s13 s14 s15
#>  1: rsX001  AA  AA  AA  AB  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AB  AA  AA
#>  2: rsX002  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  BA  AA  AA  AA  AA
#>  3: rsX003  AB  AA  AA  AB  AB  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AB  AA  AA  AA
#>  4: rsX004  AA  AA  AA  AB  AB  AA  AA  AB  AA  AA  AB  AB  AA  AA  AA
#>  5: rsX005  AB  AA  AB  AB  AA  AB  AB  AB  AA  AA  AA  AA  AB  AA  AB
#>  6: rsX006  AA  BA  BA  BB  AA  BA  AA  BA  AA  BA  BA  BB  BA  AA  BA
#>  7: rsX007  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA
#>  8: rsX008  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AB  AA  AB  AB  AA  AB  AB  AB  AB
#>  9: rsX009  BA  BA  AA  AA  AA  BA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA  AA
#> 10: rsX010  AB  AA  AB  AB  AA  AB  AB  AB  AA  AA  AA  AA  AB  AA  AB

# Convert to zygosity levels
zygosity <- as_zygous(genotypes)

zygosity[1:10, 1:16]
#>        snp s01 s02 s03 s04 s05 s06 s07 s08 s09 s10 s11 s12 s13 s14 s15
#>  1: rsX001 hom hom hom het hom hom hom hom hom hom hom hom het hom hom
#>  2: rsX002 hom hom hom hom hom hom hom hom hom hom het hom hom hom hom
#>  3: rsX003 het hom hom het het hom hom hom hom hom hom het hom hom hom
#>  4: rsX004 hom hom hom het het hom hom het hom hom het het hom hom hom
#>  5: rsX005 het hom het het hom het het het hom hom hom hom het hom het
#>  6: rsX006 hom het het hom hom het hom het hom het het hom het hom het
#>  7: rsX007 hom hom hom hom hom hom hom hom hom hom hom hom hom hom hom
#>  8: rsX008 hom hom hom hom hom hom het hom het het hom het het het het
#>  9: rsX009 het het hom hom hom het hom hom hom hom hom hom hom hom hom
#> 10: rsX010 het hom het het hom het het het hom hom hom hom het hom het