Convert genotypes to zygosity
Source:vignettes/articles/genotypes-to-zygosity.Rmd
genotypes-to-zygosity.Rmd
Here is how to convert your genotypes to zygosity levels:
- Read in the genotypes with
read_snp_genotypes()
. - Convert the returned data table by
read_snp_genotypes()
to zygosity levels withas_zygous()
.
# Read in the genotypes
genotypes <- read_snp_genotypes(file = daeqtlr_example('genotypes.csv'))
genotypes[1:10, 1:16]
#> snp s01 s02 s03 s04 s05 s06 s07 s08 s09 s10 s11 s12 s13 s14 s15
#> 1: rsX001 AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA
#> 2: rsX002 AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA BA AA AA AA AA
#> 3: rsX003 AB AA AA AB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA
#> 4: rsX004 AA AA AA AB AB AA AA AB AA AA AB AB AA AA AA
#> 5: rsX005 AB AA AB AB AA AB AB AB AA AA AA AA AB AA AB
#> 6: rsX006 AA BA BA BB AA BA AA BA AA BA BA BB BA AA BA
#> 7: rsX007 AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA
#> 8: rsX008 AA AA AA AA AA AA AB AA AB AB AA AB AB AB AB
#> 9: rsX009 BA BA AA AA AA BA AA AA AA AA AA AA AA AA AA
#> 10: rsX010 AB AA AB AB AA AB AB AB AA AA AA AA AB AA AB
# Convert to zygosity levels
zygosity <- as_zygous(genotypes)
zygosity[1:10, 1:16]
#> snp s01 s02 s03 s04 s05 s06 s07 s08 s09 s10 s11 s12 s13 s14 s15
#> 1: rsX001 hom hom hom het hom hom hom hom hom hom hom hom het hom hom
#> 2: rsX002 hom hom hom hom hom hom hom hom hom hom het hom hom hom hom
#> 3: rsX003 het hom hom het het hom hom hom hom hom hom het hom hom hom
#> 4: rsX004 hom hom hom het het hom hom het hom hom het het hom hom hom
#> 5: rsX005 het hom het het hom het het het hom hom hom hom het hom het
#> 6: rsX006 hom het het hom hom het hom het hom het het hom het hom het
#> 7: rsX007 hom hom hom hom hom hom hom hom hom hom hom hom hom hom hom
#> 8: rsX008 hom hom hom hom hom hom het hom het het hom het het het het
#> 9: rsX009 het het hom hom hom het hom hom hom hom hom hom hom hom hom
#> 10: rsX010 het hom het het hom het het het hom hom hom hom het hom het